Správa národního parku Podyjí

Značná přírodní rozmanitost tohoto území podmiňuje velkou koncentraci rostlinných druhů na malé ploše. Z území národního parku a jeho ochranného pásma je dosud známo kolem 1 300 druhů cévnatých rostlin, kolem 300 druhů mechorostů, více jak 800 druhů vyšších hub, asi 300 druhů lišejníků. V území i dnes dochází k významným floristickým objevům nových či dříve nezvěstných druhů. V roce 1990 byl nalezen řebříček vratičolistý (Achillea tanacetifolia), jenž byl novým druhem pro Moravu. Roku 2006 byly nalezeny např. vzácné rostliny blatěnka vodní (Limosella aquatica) a kozlíček štěrbinatý (Valerianella rimosa). Každoročně se též evidují nové lokality již zjištěných druhů, kam v poslední době patří také jednoleté druhy úhorů, tedy dnes vzácných mizejících biotopů s raným stadiem sukcese. Taková stanoviště začíná Správa NP Podyjí podporovat a podrobněji zkoumat, protože skýtají nejen zajímavosti floristické, ale rovněž entomologické. Na konkrétní druhy rostlin jsou zde totiž vázány mnohdy vzácné a ohrožené druhy hmyzu, zejména brouků. V roce 2007 byl po 89 letech potvrzen výskyt evropsky významného mechu šikoušku zeleného (Buxbaumia viridis) na Ledových slujích.

 Kromě prvků hercynské a ponticko - panonské květeny, pro něž území NP Podyjí představuje migrační hranici, se zde setkáváme i s několika druhy perialpinními, které sem pronikly od jihu a Podyjí je jejich jedinou nebo jen jednou z mála recentních lokalit v ČR. Jde například o volovec vrbolistý (Buphthalmum salicifolium), prorostlík prutnatý (Bupleurum affine), bělolist žlutavý (Filago lutescens) a diviznu nádhernou (Verbascum speciosum). Tyto druhy patří v Červeném seznamu i v Seznamu zvláště chráněných druhů rostlin mezi kriticky ohrožené. Do této kategorie řadíme také v Podyjí rostoucí zapaličku největší (Tordylium maximum), ostřici ječmenovitou (Carex hordeistichos), bažanku vejčitou (Mercurialis ovata), kýchavici černou (Veratrum nigrum), lýkovec vonný (Daphne cneorum) a další druhy. Z cévnatých rostlin soustavy NATURA 2000 chrání NP Podyjí koniklec velkokvětý (Pulsatilla grandis) a střevíčník pantoflíček (Cypripedium calceolus). NP Podyjí má také za úkol, chránit středoevropský unikát - pásmo travinných společenstev stepí a vřesovišť, které leží mezi Znojmem a Hnanicemi. To vše dokládá značný význam Podyjí z hlediska ochrany fytogenofondu i biodiverzity.

Zcela zvláštní problematikou jsou invazní a expanzivní druhy rostlin v NP, o nichž pojednává podrobný botanický článek.

Zákon ČNR č. 114/1992 Sb. o ochraně přírody a krajiny stanoví kategorii „zvláště chráněný druh", jež je dělena na tři skupiny podle stupně ohrožení. Příloha č. II (Seznam zvláště chráněných druhů rostlin) Vyhlášky 395/1992 Sb., kterou se provádějí některá ustanovení zákona č. 114/1992 Sb. zahrnuje cévnaté rostliny a houby. Uvedené tabulky nezahrnují druhy cévnatých rostlin a hub z Červených seznamů.

Počet druhů	Kategorie
	kriticky ohrožený	silně ohrožený	ohrožený
ČR celkem	246	149	91
Podyjí celkem	12	26	37